Учебный центр был образован как Республиканские курсы повышения квалификации работников финансовых и страховых органов в 1978 году, затем в 2001 году курсы были преобразованы в Учебный центр Министерства финансов Кыргызской Республики.

Учебный центр в своей деятельности руководствуется Конституцией Кыргызской Республики, Законом Кыргызской Республики «Об образовании», а также другими законами Кыргызской Республики, Указами и распоряжениями Президента Кыргызской Республики, постановлениями и распоряжениями Правительства Кыргызской Республики, решениями Министерства и иными нормативными правовыми актами Кыргызской Республики. Положение об Учебном центре, утверждено постановлением Правительства Кыргызской Республики от 20 февраля 2012 года № 114. Учебный центр осуществляет свою деятельность под общим руководством министра, статс-секретаря, курирующего работу Центра, а также непосредственным руководством директора Учебного центра.

Основной задачей Учебного центра МФ КР является обучение, переподготовка и повышение квалификации работников системы Министерства финансов, работников сектора государственного управления и органов местного самоуправления по вопросам эффективного управления государственными финансами, международных стандартов финансовой отчетности и системы внутреннего аудита в государственном секторе, автоматизации учета и отчетности в системе казначейства.

Учитывая уполномоченность Министерства финансов Кыргызской Республики в организации методологии государственных закупок введен многоуровневая образовательная система в области государственных закупок. С апреля 2010 года в соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики «О мерах по обеспечению реализации Закона Кыргызской Республики «О структуре Правительства Кыргызской Республики» от 26 октября 2009 года № 425 Учебный центр согласно его Положению проводит курсы по подготовке, переподготовке и повышению квалификации кадров по системе государственных закупок товаров, работ и услуг с выдачей подтверждающих сертификатов установленного образца Министерства финансов Кыргызской Республики. Для этого привлечены тренеры-консультанты, разработаны программы обучения, методические пособия, раздаточные материалы для специалистов государственных закупок.

Обучение слушателей проводится по учебным планам и программам, составленным совместно с начальниками управлений, отделов и структурными, подведомственными подразделениями Министерства финансов. Языки обучения: кыргызский, русский в зависимости от запросов слушателей. Продолжительность обучения определяется учебными планами, согласуется с начальниками управлений, утверждается статс-секретарем Министерства финансов. Учебный Центр для осуществления учебного процесса привлекает преподавателей ВУЗов, специалистов из аппарата Министерства финансов и других министерств, ведомств на условиях почасовой оплаты и совместительства. Слушатели, прошедшие обучение и переподготовку в Учебном центре, получают сертификат установленного образца.

Финансирование деятельности Учебного центра осуществляется в установленном порядке за счет ассигнований выделяемых из государственного бюджета и других поступлений. Центр имеет бюджетные и специальные средства. Ведется бухгалтерский и статический учет, а так же отчетность в рамках, установленных законодательством КР., норм и требований. Оплата труда преподавателей определяется в установленном порядке объемом выполненной учебной нагрузки.